Avant 1994, la Coupe de la Ligue était un petit tournoi qui permettait à certains clubs de tester des joueurs en vue de les recruter. Mais la LFP a décidé de créer sa propre compétition à élimination directe. La Coupe de France étant organisée par la FFF. Le but était de montrer la vigueur du football professionnel français et d'asseoir l'importance de la LFP. Tous les clubs de Ligue 1, Ligue 2 et ceux de National qui ont un statut pro sont obligés d'y participer. Certains clubs ont rapidement boudé la compétition, qui rajoutait des matches à leur calendrier déjà chargé. 

Face à l'engouement très mesuré, la LFP a d'abord changé le trophée. En 2004, les Monégasques soulevaient ainsi la Coupe dorée. Ensuite, en 2006, une nouvelle formule a été mise au point pour épargner les meilleurs clubs français. Le vainqueur du championnat et son dauphin sont donc exempts des seizièmes de finales. Autre mesure, le tirage au sort d'un tableau qui prédestine les matches des huitièmes à la finale. Les têtes de série sont sûres de ne pas s'affronter. Effet immédiat de la formule, Bordeaux et Lyon les deux clubs exempts et têtes de série se sont retrouvés en finale la saison suivante. La Ligue était heureuse de voir deux grandes équipes au Stade de France, mais les observateurs restaient sceptiques sur l'intérêt d'une compétition qui avait facilité le travail à ces deux clubs.

Aujourd'hui, une nouvelle formule apparaît. Ce ne sont pas deux, mais tous les clubs qualifiés pour l'Europe qui sont exempts de seizièmes de finale. La Ligue espère ainsi pouvoir proposer des gros chocs dès les quarts de finale. Une sorte de play-offs de la saison précédente.